Bienvenue à toi !
Je vais essayer de répondre (un peu) à tes questions, j'ai posé un peu les mêmes avant d'acheter mon D300 ! Mais c'était surtout au niveau du boîtier...
Concernant le D90, c'est un très bon choix. Et y'a de quoi faire avant de faire le tour du boîtier...
J'ai pour ma part le 18-105 (que beaucoup de pros ne m'ont pas conseillé) et j'en suis très content (faut dire que je débute dans le réflex...). Pour se familiariser avec le boîtier c'est déjà très bien. Ce zoom presque 6x te permettras de réaliser du paysage, du portrait et de la proxy-photo. Les qualités optiques ne sont pas époustouflantes mais pour le prix c'est (à mon avis) très bien. Et en plus y'à le VR (qu'on utilise pas beaucoup en fait dans cette plage de focales... Mais bon, parfois ça sert). J'ai un proche qui a le couple D90 / 18-105 et qui en est rès content également. Sinon, si tu as le budget, tu peux voir pour un 16-85 ou 18-200 réputés meilleurs.
Concernant la macro, j'envisage de m'y mettre aussi et je pense partir sur le 105 Nikkor (c'est mon anniv le 13/01, j'aurai p't'être pas besoin de l'acheter

).
De toutes façons tu ne te tromperas pas (concernant le 18-55 je ne sais pas ce qu'il vaut face au 18-105, mais ça doit pas être très loin qualitativement parlant...).
Pour compléter ton premier choix (ça dépend de ce que tu voudras faire) mais, pour ma part (animalier et un peu photos de sport), j'aimerai un 70-200 f2.8 et ou un 120-400 Sigma ou 300 f4 (2.8 un jour j'espère

). Y'a aussi le 100-300 f4 de Sigma...

Bon je m'arrête là parceque je n'ai pas encore fait un choix définitif pour moi-même...
Je ne t'apporte peut-être pas trop d'aide, mais je te donne mon avis ! Des personnes plus éclairées feront sûrement mieux !
A bientôt !